Jak inne głośne dzieła, Molloy dał okazję do niezliczonych interpretacji, krzyżujących się, często sprzecznych, wydobywających na pierwszy plan przeróżne aspekty. Zgodnie podkreśla się pokrewieństwo Becketta z Kafką i Joyce'em (którego nb. był bliskim przyjacielem i uczniem). W opiniach formułowanych krótko po ukazaniu się dzieła najczęściej mówiło się o "unicestwianiu słowa", "nicości", "negacji literatury", podkreślając jednak nieuchwytną poetyckość tej książki. Może za mało zwrócono uwagi na problem wolności, ściślej - jej ograniczeń tkwiących w naturze człowieka. A ograniczenie to idzie jakby pod prąd tradycyjnych interpretacji Becketta: jego bohater, do granic odczłowieczony, mimo wszelkich wysiłków nie jest w stanie wykorzenić z siebie owej "pars divina" - porywu ku drugiemu człowiekowi.