आज, यह ईश्वर है. चार हज़ार वर्ष पहेले, यह केवल एक मानव था. मेलुहा के मृत्युंजय ने शिव और सूर्यवंशियों का कहानी का सिरा जहाँ छोड़ा हे ठीक यहीं से नागाओं का रहस्य की कहानी आगे बढ़ती है। नागाओं ने शिव के मित्र बृहस्पति की हत्या की और अब उसकी पत्नी सती की जान के पीछे पड़े हुए है। क्रूर हत्यारों की जाति नागाओं के इरादों को विफल करना ही शिव का एकमात्र लक्ष्य बन जाता है। प्रतिशोध की राह पर चलते हुए शिव नागवंशियों के क्षेत्र में पहोंचता है। यहाँ उसे मेलुहा के हमलावर को ढूंढना है। इस रोमांचक और खतरों से भरे सफ़र में दोस्त कब दुश्मन बन जाते है पता ही नहीं चलता। क्या शिव चंद्रवंशियों और नागाओं से जुड़े सत्य तक पहुँच पायेगा? आखिर नागाओं का रहस्य क्या है ? क्या शिव अपनी यात्रा में विजयी हो पायेगा? रहस्य और रोमांच से भरी दुनिया को जानने के लिए पढ़े नागाओं का रहस्य।