Tytułowa Córka Cieni to Juliana, której losy poznajemy dzięki odnalezionemu pamiętnikowi, z którego wyłania się wstrząsająca historia jej niezwykłych losów na tle historii Polski. Przedwojenny zakazany romans, ucieczka w Bieszczady, zetknięcie z brutalnością wojny, nierozliczone relacje polsko-ukraińskie, trudna rzeczywistość powojennej Polski – to wszystko tworzy historię życia Juliany. Magdalena, panna z przedwojennego zamożnego domu zakochuje się w Piotrze, ubogim kelnerze. Wobec sprzeciwu ojca dziewczyna opuszcza dom i ucieka z Piotrem w nieznane. Docierają do bieszczadzkiej wsi, gdzie trafiają do księdza, który udziela im ślubu i daje niespodziewany prezent w postaci mapy prowadzącej do opuszczonej chaty w samym środku puszczy. Para zamieszkuje w leśnej głuszy z dala od ludzi i cywilizacji. Przy zaradności Piotra Magdalena uczy się gospodarzyć. Tu zastaje ich wojna. Sielankowe życie staje się coraz trudniejsze, choć początkowo nie odczuwają skutków wojennej zawieruchy. Jednak gdy Magdalena rodzi dziecko, Julianę, wokół szaleją już bandy UPA i Sowieci. Pewnego dnia do domu Piotra i Magdaleny trafia Ukrainiec, Iwan. Odtąd na spokojną chatę spada pasmo nieszczęść. Magdalena marzy o powrocie do domu. Jak potoczą się ich losy? Po latach jej zapiski odnajduje Adam, student historii, który postanawia odnaleźć Julianę.